Câu lạc bộ bóng đá đầu tiên ở Almería được thành lập vào năm 1909: el Almería Foot-Ball Club.[5] Từ đó đến nay, đã có một vài câu lạc bộ ở Almería được thành lập hoặc giải thể. Một trong số đó là AD Almería, một đội bóng thi đấu ở La Liga giữa năm 1979-81, nhưng giải thể vào năm 1982, và được cho là tiền thân của UD Almería.

Vào năm 1989, câu lạc bộ named Almería Club de Fútbol được thành lập, nhưng vào năm 2001 thì đổi tên thành Unión Deportiva Almería. Vào ngày 19 tháng 1 năm 2001 thị trưởng của thành phố Almería Santiago Martínez Cabrejas thông báo trước hội đồng thành phố rằng câu lạc bộ mới UD Almería đã được thành lập sau khi hợp nhất hai đội thành phố - Polideportivo Almería và Almería CF.[6] Nhưng UD Almería chưa là câu lạc bộ chính thức cho đến ngày 28 tháng 6 năm 2001, khi Almería CF phê duyệt tại Đại hội đồng cổ đông về việc đổi tên.[6] Sau khi chơi một mùa giải ở giải hạng hai, họ bị xuống hạng xuống giải hạng ba và hạng tư.

Sau khi trải qua vài mùa giải ở giải hạng hai, đội bóng của Almería lần đầu tiên được thăng hạng lên La Liga sau khi về nhì ở mùa giải 2006–07. Sau khi có một màn trình diễn xuất sắc, như trận thắng Deportivo de La Coruña 3–0 trên sân khách trong trận đầu tiên tại La Liga, đội bóng đã giành được vị trí thứ 8 chung cuộc trong mùa giải 2007–08.[6] Người dẫn dắt câu lạc bộ là huấn luyện viên Unai Emery, tiền đạo Álvaro Negredo đã được danh hiệu danh hiệu Vua phá lưới với 13 bàn thắng.

Sau khi Emery đến Valencia CF, Gonzalo Arconada tiếp quản chiếc ghế huấn luyện viên[7], nhưng bị sa thải vào ngày 21 tháng 12 năm 2008, sau một chuỗi kết quả bết bát, mặc dù chưa từng lọt vào nhóm xuống hạng.[8] Huấn luyện viên Mexico Hugo Sánchez đã đảm nhận công việc và đã có kết quả tốt hơn một chút, cho vị trí cuối cùng ở giữa bảng xếp hạng.

Vào mùa giải 2010–11, Almería lần đầu tiên lọt vào bán kết Copa del Rey.[6] Tuy nhiên, ở La Liga, câu lạc bộ cuối cùng đã phải xuống hạng sau bốn năm thi đấu ở giải đấu hàng đầu Tây Ban Nha; vào tháng 11 năm 2010, huấn luyện viên Juan Manuel Lillo bị sa thải sau trận thua 0-8 trên sân nhà trước FC Barcelona (chính xác là đội đã loại Andalusians ở vòng tứ kết Cúp Nhà Vua Tây Ban Nha, với cùng tỷ số, nhưng tính tổng),[9][10] và người kế nhiệm José Luis Oltra cũng cùng chung số phận,[11] vào tháng 4 năm 2011.[12] Ông được thay thế bởi Roberto Olabe.[13]

Sau hải mùa giải ở giải hạng hai, Almería quay trở lại hạng đấu cao nhất Tây Ban Nha vào 20 tháng 6 năm 2013, sau khi đánh bại Girona FC ở play-offs. Sau sự ra đi của huấn luyện viên Javi Gracia, câu lạc bộ đã bổ nhiệm cựu cầu thủ và huấn luyện viên đội B Francisco Javier Rodríguez Vílchez;[14] câu lạc bộ đã thoát cảnh xuống hạng vào mùa giải 2013–14, kết thúc ở vị trí thứ 16.[15][16]

Fransico bị sa thải vào tháng 12 năm 2014, sau khi chỉ giành được 2 điểm sau tổng số 24 trận đấu,[17] và được thay thế bởi Juan Ignacio Martínez.[18] "JIM" cũng chỉ dẫn dắt đội đến tháng tư năm sau,[19] và được thay thế với Sergi Barjuán,[20] câu lạc bộ cuói cùng xuống hạng với vị trí thứ 19.[21][22]

Vào mùa giải 2018-19, Almería cuối cùng đã thoát khỏi cuộc chiến khó khăn để giànhơ lại Segunda División cho đến những trận đấu cuối cùng cũng như trong suốt 3 mùa giải trước đó. Lần này họ tiến gần hơn đến trận play-off thăng hạng lên La Liga, và đứng thứ 10 trong tổng số 22 đội .[23]

Vào ngày 2 tháng 8 năm 2019, Turki Al-Sheikh trở thành chủ sở hữu của Almería, thay thế Alfonso García Gabarrón.[24] Ông bổ nhiêm Mohamed El Assy làm tổng giám đốc,[25] Dario Drudi là giám đốc thể thao, thay thế Miguel Ángel Corona,[26] và huấn luyện viên Óscar Fernández được thay thế bởi Pedro Emanuel.[27] Vào ngày 5 tháng 11 năm 2019, Guti được công bố thay thế Emanuel.[28] Vào ngày 26 tháng 6 năm 2020, anh bị thôi việc và được thay thế bởi Mario Silva ,[29][30] người được thay thế bởi José Gomes vào ngày 27 tháng 7.

Vào tháng 8 năm 2021, UD Almería (Mohamed El Assy) và Ayuntamiento de Almería (es) (Ramón Fernández-Pacheco Monterreal (es)) đã đồng ý về việc giải trí hoạt động của Estadio de los Juegos Mediterráneos thuộc sở hữu của thành phố với khoảng thời gian 25 năm.[31] Vào tháng 7 năm 2022, câu lạc bộ đã được lên chơi La Liga một lần nữa sau khi vô địch Segunda Division một cách thuyết phục, ở vòng cuối cùng của mùa giải 2021-2022, sau bảy năm chơi bóng ở giải hạng hai.